citrobacter freundii complexとampCと薬剤耐性菌検査法

citrobacter freundii complexとampC

citrobacter freundii complexとampC

この記事で押さえる要点

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「complex」が意味すること

同じように見えるCitrobacterが、実は複数種の集合体として扱われる理由（同定の限界と臨床上の影響）を整理します。

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AmpCと治療の地雷

第3世代セフェムで「最初は効くが途中で耐性化」が起こり得る背景を、誘導性AmpCの概念から説明します。

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検査室と臨床のすり合わせ

MALDI-TOFや表現型検査の得意・不得意を理解し、抗菌薬適正使用につながる読み替えのコツを紹介します。

citrobacter freundii complexの分類と同定

テーブル上では「Citrobacter freundii」と返ってきても、実務的には“citrobacter freundii complex”として近縁種の集合を含む文脈で語られることが少なくありません。近縁種は生化学的性状が似ており、従来法では取り違えが起こりやすい点が古くから指摘されています。実際、Citrobacter属の同定比較で「誤同定されたものはすべてC. freundii complexに属していた」とする報告があり、complexという枠組みが「検査法の分解能」と密接に結びついていることが分かります。

Species identification of strains belonging to genus Citrobacter using the biochemical method and MALDI-TOF mass spectrometry - PubMed

Strains of genus Citrobacter (152 isolates from 1950 to 1988 deposited in the Czech National Collection of Type Cultures...

MALDI-TOF MSは、従来の生化学的同定より迅速で精度が高いとされ、Citrobacter属の識別でも有用性が示されています。ただし、MALDI-TOFは「データベースに何が入っているか」「complexをどこまで種レベルに落とす設計か」に依存します。つまり、同じMALDI-TOFでも施設や装置・DB更新状況により、C. freundiiとしてしか返らないこともあれば、complex内の別種として返ることもあり得ます。

臨床的に重要なのは「種名が確定したか」よりも、耐性機序（特にAmpC）を強く疑うべきグループかどうかを、検査結果から読み取れることです。Citrobacter属のうち、C. koseriのように“染色体性AmpC”の代表として扱われにくい種がある一方で、C. freundiiは典型的に染色体性AmpCに関連づけられ、治療戦略に直結します。日本の資料でも、染色体にAmpC遺伝子をコードする代表的な腸内細菌目としてCitrobacter freundiiが明記されており、現場で「C. freundii＝AmpC注意」を基本動作にしてよい根拠になります。

https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/001161620.pdf

citrobacter freundii complexの感染症とリスク

citrobacter freundii complexは腸内細菌目（Enterobacterales）に属するグラム陰性桿菌群として、医療関連感染の文脈で遭遇しやすい存在です。臨床像は尿路感染症、呼吸器感染症、創部感染、菌血症など多彩に現れ得て、免疫不全や侵襲的デバイス使用など“ホスト側の脆弱性”が絡むと重症化のリスクが上がります。総説ではCitrobacter属が「増加する脅威」として、臨床像・病原因子・耐性機序をまとめており、C. freundiiを中心に薬剤耐性が問題化している流れが概観できます。

A brief insight into Citrobacter species - a growing threat to public health - PMC

Citrobacter spp. are Gram-negative, non-spore forming, rod-shaped, facultative anaerobic bacteria from the Enterobacteri...

さらに近年は、カルバペネマーゼ（NDM、VIM、OXA-48など）獲得による耐性の報告も増えています。総説レベルでも、C. freundiiがNDM-1を含むカルバペネマーゼを持つ例が報告されていることが触れられており、「AmpCだけ見ていれば良い」時代ではないことが示唆されます。

A brief insight into Citrobacter species - a growing threat to public health - PMC

Citrobacter spp. are Gram-negative, non-spore forming, rod-shaped, facultative anaerobic bacteria from the Enterobacteri...

日本のサーベイランスでも、CRE（カルバペネム耐性腸内細菌目細菌）の病原体情報としてCitrobacter freundiiが検出されている年次報告があり、国内でも“たまにいる”では済まない状況がうかがえます。院内でCRE対策が強化される中、Citrobacterが出たときに「KlebsiellaやE. coliほど頻度が高くないから」と見落とすと、隔離・接触予防策やアウトブレイク対応の初動が遅れる可能性があります。

カルバペネム耐性腸内細菌目細菌（carbapenem-resistant Enterobacterales: CRE）病原体サーベイランス, 2021年｜国立健康危機管理研究機構感染症情報提供サイト

citrobacter freundii complexとampCと薬剤耐性

citrobacter freundii complexを語るうえで、最重要キーワードの一つが「誘導性AmpC（染色体性ampC）」です。AmpCはβ-ラクタム系への耐性に関与し、特に「治療中にAmpCが過剰発現する株が選択され、見かけ上“感受性→耐性”へ転ぶ」シナリオが臨床上の怖さになります。AmpCの基礎を整理したレビューでは、AmpC耐性が“誘導性の染色体性”として出現し得ること、そして治療中に問題化することが強調されています。

A Primer on AmpC β-Lactamases: Necessary Knowledge for an Increasingly Multidrug-resistant World - PMC

Understanding the nuances of AmpC β-lactamase–mediated resistance can be challenging, even for the infectious diseases s...

AmpCは調節遺伝子AmpRなどを介して誘導され、β-ラクタム曝露で発現が上がる仕組みが古典的研究でも示されています。C. freundiiでは、β-ラクタム添加でampC発現が増加したこと、またampCを恒常的に過剰産生する変異株が得られたことが報告されており、「誘導→過剰産生（derepression）」が生物学的に起こり得ることが裏打ちされています。

Regulatory components in Citrobacter freundii ampC beta-lactamase induction - PMC

Citrobacter freundii encodes an inducible chromosomal beta-lactamase similar to the constitutively expressed ampC beta-l...

日本語の臨床現場の解説でも、C. freundiiを含む誘導性ampC遺伝子を持つ菌では、第3世代セフェムが耐性化を誘導しやすい点、セフェピムがAmpC誘導が弱く比較的有効になり得る点が言及されています。ここでのコツは「感受性表の“S/I/R”だけで決めない」ことです。たとえCTXやCTRXが“S”に見えても、感染巣（深部か、菌血症か、尿路か）、菌量、ソースコントロールの見込み、免疫状態によっては“耐性化リスクを上回るメリットがあるか”を毎回評価する必要があります。

microbiology round - 亀田総合病院感染症内科

2024年5月30日のMicrobiology roundは、Klebsiella(Enterobacter) aerogenesを取り上げました。...

また、AmpC“だけ”が論点ならセフェピムやカルバペネム等が候補に上がりやすい一方、カルバペネマーゼ獲得例では話が変わります。総説で挙げられているNDMやOXA-48などが絡むと、通常のβ-ラクタム選択の前提が崩れ、感染制御・薬剤選択・検査（耐性遺伝子や表現型）の追加確認が必要になります。

A brief insight into Citrobacter species - a growing threat to public health - PMC

Citrobacter spp. are Gram-negative, non-spore forming, rod-shaped, facultative anaerobic bacteria from the Enterobacteri...

citrobacter freundii complexの検査法と薬剤感受性

検査室の報告を臨床で“使える情報”に変換するには、まずAmpCを疑うべき菌種を知ることが近道です。厚労省の「抗微生物薬適正使用の手引き」別冊では、染色体性AmpCをコードする代表菌としてEnterobacter cloacae、Klebsiella aerogenes、Citrobacter freundiiなどが挙げられています。これを手元の早見表にしておくだけで、当直帯でも抗菌薬の初期選択ミスを減らせます。

https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/001161620.pdf

表現型でAmpCを推定する検査としては、ボロン酸阻害を利用した方法などが知られています。日本語資料でも、ボロン酸化合物がclass C β-ラクタマーゼ活性を阻害する性質を利用した検出法が解説されており、検査室側がどのような原理で「AmpCっぽい」を出しているかを臨床側が理解する助けになります。

https://www.eiken.co.jp/uploads/modern_media/literature/MM1010_04.pdf

薬剤感受性の読み方で、現場で誤解が起きやすいポイントを絵文字付きで整理します。

✅「S＝安全」ではない：C. freundiiで第3世代セフェムがSでも、誘導性AmpCの耐性化リスクを別枠で考える必要があります。

🔁「途中で効かなくなる」を想定：治療開始48〜72時間以降の解熱遷延や再燃で、ソース以外に“耐性化”も鑑別に入れます。

🧩「施設のアンチバイオグラム」前提：同じ菌名でも施設により耐性背景が違うため、ローカルデータで補正します（ガイドラインも施設差の考慮を推奨）。

https://www.kansensho.or.jp/uploads/files/guidelines/guideline_JAID-JSC_2017.pdf

citrobacter freundii complexの独自視点：病原性アイランドと「見えない危険」

検索上位の一般的な解説は、どうしても「尿路感染」「院内感染」「AmpC」あたりで止まりがちです。そこで独自視点として、ゲノムレベルでの“獲得因子”に注目します。Frontiersの分子疫学研究では、C. freundii臨床株でyersiniabactin遺伝子クラスター（高病原性アイランド関連）がICE（integrative and conjugative element）上に存在する例を報告し、さらに「ICEを介したHPI獲得が初めて同定された」と述べています。

Frontiers | Molecular analysis of clinical Citrobacter spp. isolates: Acquisition of the Yersinia high-pathogenicity island mediated by ICEkp in C. freundii

Background. Studies on Citrobacter spp.are limited, hindering our understanding of its species evolution and medical rel...

この論点が臨床で重要なのは、「抗菌薬が効く/効かない」だけでは患者アウトカムを説明できない局面があるからです。鉄獲得（siderophore）関連因子は、菌の生体内適応に寄与し得ますし、さらにICEのような可動性要素は“耐性遺伝子”も“病原性因子”も運び得ます。AmpCやカルバペネマーゼといった耐性の話と、病原性因子の話は別物に見えて、実は「同じ可動性要素が運ぶ」という点で交差します。

臨床現場での実装としては、次のような“見えない危険”のシグナルを拾うのが現実的です。

🧠重症度が菌量・病巣に比して高い：免疫不全やデバイス要因だけで説明しづらいとき、菌側因子の可能性を意識。

🧬施設内で同菌種が増える：遺伝子検査が常に可能でなくても、クラスターを疑うだけで感染制御の優先度が上がる。

📌「complex」の名に甘えない：同じC. freundiiでも株ごとのゲノム背景が違うため、経過が非典型なら早めにID/ICTと相談。

（参考リンク：Citrobacter属の臨床像・病原因子・耐性機序を総説として整理）